中國(guó)科學(xué)院昆明分院（簡(jiǎn)稱昆明分院）是中國(guó)科學(xué)院的派出機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)協(xié)助院黨組領(lǐng)導(dǎo)和指導(dǎo)中國(guó)科學(xué)院在云南省和貴州省的研究所工作，是連接院機(jī)關(guān)和研究所的橋梁紐帶，區(qū)域科技管理和服務(wù)的中心。昆明分院前身是中國(guó)科學(xué)院成立于1957年的中國(guó)科學(xué)院昆明辦事處，1958年擴(kuò)建為中國(guó)科學(xué)院云南分院。1962年，中國(guó)科學(xué)院云南分院與四川分院、貴州分院合并后，在成都成立中國(guó)科學(xué)院西南分院。1978年10月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，西南分院撤銷，成立中國(guó)科學(xué)院昆明分院。

昆明分院現(xiàn)有5家研究機(jī)構(gòu)：中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所、中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所、中國(guó)科學(xué)院西雙版納熱帶植物園、中國(guó)科學(xué)院地球化學(xué)研究所、中國(guó)科學(xué)院云南天文臺(tái)。?

昆明分院建有4個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，8個(gè)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，19個(gè)地方重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，9個(gè)工程中心，2個(gè)大科學(xué)設(shè)施：中國(guó)西南野生生物種質(zhì)資源庫(kù)和模式動(dòng)物表型與遺傳研究國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（靈長(zhǎng)類設(shè)施）；建有探月工程地面應(yīng)用系統(tǒng)40米射電望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學(xué)望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大的地面太陽觀測(cè)基地-撫仙湖一米太陽塔、西雙版納萬種植物園、昆明動(dòng)物博物館、國(guó)家昆明高等級(jí)生物安全靈長(zhǎng)類實(shí)驗(yàn)中心/生物安全三級(jí)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院生物安全大科學(xué)研究中心（昆明分部）、國(guó)家非人靈長(zhǎng)類實(shí)驗(yàn)動(dòng)物資源庫(kù)、中國(guó)科學(xué)院昆明生物多樣性大型儀器區(qū)域中心，國(guó)家級(jí)（省級(jí)）野外臺(tái)站等重大科研平臺(tái)，擁有一批先進(jìn)的大型科研儀器設(shè)備和完善的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)及生物多樣性信息系統(tǒng)。???? ?

截至2023年，昆明分院系統(tǒng)共有在職職工2363人（包含所屬單位人員），其中科技人員1637人，包括中國(guó)科學(xué)院院士9人，發(fā)展中國(guó)家科學(xué)院院士2人，正高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員319人，副高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員376人。???? ?

昆明分院機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)綜合辦公室、黨建工作處（紀(jì)檢辦公室）、人事人才處、科技合作處、審計(jì)與財(cái)務(wù)處等五個(gè)部門。