中國科學(xué)院昆明分院（簡稱昆明分院）是中國科學(xué)院的派出機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)協(xié)助院黨組領(lǐng)導(dǎo)和指導(dǎo)中國科學(xué)院在云南省和貴州省的研究所工作，是連接院機(jī)關(guān)和研究所的橋梁紐帶，區(qū)域科技管理和服務(wù)的中心。昆明分院前身是中國科學(xué)院成立于1957年的中國科學(xué)院昆明辦事處，1958年擴(kuò)建為中國科學(xué)院云南分院。1962年，中國科學(xué)院云南分院與四川分院、貴州分院合并后，在成都成立中國科學(xué)院西南分院。1978年10月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，西南分院撤銷，成立中國科學(xué)院昆明分院。

昆明分院現(xiàn)有5家研究機(jī)構(gòu)：中國科學(xué)院昆明植物研究所、中國科學(xué)院昆明動物研究所、中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園、中國科學(xué)院地球化學(xué)研究所、中國科學(xué)院云南天文臺。?

昆明分院建有4個國家重點實驗室，8個院重點實驗室，19個地方重點實驗室，9個工程中心，2個大科學(xué)設(shè)施：中國西南野生生物種質(zhì)資源庫和模式動物表型與遺傳研究國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（靈長類設(shè)施）；建有探月工程地面應(yīng)用系統(tǒng)40米射電望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學(xué)望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大的地面太陽觀測基地-撫仙湖一米太陽塔、西雙版納萬種植物園、昆明動物博物館、國家昆明高等級生物安全靈長類實驗中心/生物安全三級實驗室、中國科學(xué)院生物安全大科學(xué)研究中心（昆明分部）、國家非人靈長類實驗動物資源庫、中國科學(xué)院昆明生物多樣性大型儀器區(qū)域中心，國家級（省級）野外臺站等重大科研平臺，擁有一批先進(jìn)的大型科研儀器設(shè)備和完善的計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)及生物多樣性信息系統(tǒng)。???? ?

截至2023年，昆明分院系統(tǒng)共有在職職工2363人（包含所屬單位人員），其中科技人員1637人，包括中國科學(xué)院院士9人，發(fā)展中國家科學(xué)院院士2人，正高級專業(yè)技術(shù)人員319人，副高級專業(yè)技術(shù)人員376人。???? ?

昆明分院機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)綜合辦公室、黨建工作處（紀(jì)檢辦公室）、人事人才處、科技合作處、審計與財務(wù)處等五個部門。